Zapobieganie odrzuceniu przeszczepu po przeszczepieniu narządów miąższowych. Leczenie komórkowego odrzucania przeszczepu u chorych leczonych wcześniej innymi lekami immunosupresyjnymi. Dawkowanie cyklosporyny powinno być zaczęte przed przeszczepieniem i kontynuowane przez kilka tygodni po operacji. Następnie stopniowo zmniejsza się dawkę, kontrolując stężenie cyklosporyny we krwi. W przypadku terapii skojarzonej można stosować mniejsze dawki.
Zapobieganie odrzuceniu przeszczepu po alogenicznej transplantacji szpiku kostnego i transplantacji komórek macierzystych. Zapobieganie chorobie przeszczep przeciwko gospodarzowi i jej leczenie. Cyklosporynę zaleca się podawać dzień przed przeszczepem w dawce 3-5 mg/kg mc./d, kontynuując podawanie przez 2 tygodnie po operacji. Następnie zaleca się leczenie podtrzymujące w dawce 12,5 mg/kg mc./d przez kilka miesięcy, stopniowo zmniejszając dawkę.
Zagrażające utratą wzroku zapalenie błony naczyniowej pośredniego lub tylnego odcinka oka pochodzenia niezakaźnego, gdy leczenie konwencjonalne jest nieskuteczne lub powoduje nieakceptowalne działania niepożądane. Zapalenie błony naczyniowej oka w chorobie Behçeta z nawracającymi zaostrzeniami z zajęciem siatkówki u osób bez objawów neurologicznych. Przed rozpoczęciem leczenia należy wykluczyć zakaźne przyczyny zapalenia błony naczyniowej oka. Początkowa dawka to 5 mg/kg mc./d, a w razie konieczności można ją zwiększyć. W leczeniu podtrzymującym należy stopniowo zmniejszać dawkę cyklosporyny.
Steroidozależny i steroidooporny zespół nerczycowy, wywołany przez pierwotne choroby kłębuszków nerkowych, takie jak nefropatie z minimalnymi zmianami, ogniskowe i segmentowe stwardnienie kłębuszków lub błoniaste zapalenie kłębuszków nerkowych. Lek można stosować do wywołania remisji i jej utrzymania, a także do podtrzymania remisji wywołanej steroidami, co pozwala na odstawienie steroidów. Dawkę dostosowuje się indywidualnie, zwykle stosując dawkę maksymalną dla dorosłych i dzieci. W leczeniu podtrzymującym dawkę cyklosporyny stopniowo zmniejsza się do najmniejszej skutecznej dawki.
Ciężkie czynne RZS. Lek należy zacząć od 3 mg/kg mc./d przez 6 tygodni, a następnie dostosować dawkę w zależności od efektu. W leczeniu podtrzymującym dawkę należy dobrać indywidualnie. Lek może być stosowany również w skojarzeniu z innymi lekami w przypadku braku wystarczającej skuteczności.
Ciężka postać łuszczycy w przypadku nieskuteczności konwencjonalnych metod leczenia lub przeciwwskazań do ich stosowania. Leczenie cyklosporyną powinno być rozpoczęte od stosunkowo niskiej dawki, a następnie dostosowywane w razie potrzeby. Dawkę należy stopniowo zmniejszać podczas leczenia podtrzymującego.
Ciężkie AZS w przypadku konieczności zastosowania leczenia ogólnoustrojowego. Dawkę cyklosporyny można dostosowywać w zależności od skuteczności leczenia, stopniowo zmniejszając ją po osiągnięciu poprawy.

Przeszczepianie narządów miąższowych polega na zapobieganiu odrzuceniu przeszczepu po przeszczepieniu tego typu narządów. Natomiast leczenie komórkowego odrzucania przeszczepu jest konieczne u pacjentów, którzy wcześniej otrzymywali inne leki immunosupresyjne. Przeszczepianie szpiku ma na celu zapobieganie odrzuceniu przeszczepu w przypadku alogenicznej transplantacji szpiku oraz transplantacji komórek macierzystych. Dodatkowo, pozwala również zapobiegać lub leczyć chorobę przeszczep przeciw gospodarzowi, czyli GVHD. Wskazania pozatransplantacyjne obejmują leczenie zapalenia błony naczyniowej oka, zespół nerczycowy, reumatoidalne zapalenie stawów, łuszczycę oraz atopowe zapalenie skóry.