Niektóre schorzenia i inne sytuacje mogą uniemożliwiać stosowanie lub wymagać dostosowania dawki preparatu. W niektórych przypadkach konieczne jest regularne wykonywanie określonych badań kontrolnych.Zawsze należy wykluczyć obecność nowotworu przed rozpoczęciem leczenia. Preparat może maskować objawy nowotworu, takie jak rak żołądka, dlatego ważne jest natychmiastowe skonsultowanie się z lekarzem w przypadku zmiany symptomów lub pojawienia się niepokojących objawów, takich jak znaczna utrata masy ciała, nawracające wymioty, trudności w połykaniu, krwawe wymioty, niedokrwistość, ciemne stolce, oraz w przypadku stwierdzenia lub podejrzenia wrzodów żołądka.Jeśli objawy nie ustępują pomimo stosowania preparatu, konieczne może być dalsze diagnozowanie przez lekarza.W przypadku długotrwałego stosowania preparatu, szczególnie gdy trwa ponad rok, zaleca się regularne monitorowanie pod nadzorem lekarza. Osoby, którym zalecono długoterminowe stosowanie preparatu, powinny regularnie sprawdzać funkcje wątroby, zwłaszcza jeśli mają poważne problemy z wątrobą. Jeśli pojawia się wzrost aktywności enzymów wątrobowych, należy skonsultować się z lekarzem i ewentualnie przerwać stosowanie preparatu.Stosowanie preparatu w profilaktyce wrzodów żołądka i dwunastnicy u osób leczonych niesterydowymi lekami przeciwzapalnymi (NLPZ) jest ograniczone do pacjentów, u których kontynuacja terapii NLPZ jest konieczna i występuje zwiększone ryzyko problemów żołądkowo-jelitowych. Lekarz powinien ocenić ryzyko dla każdego pacjenta indywidualnie.Współdzielone stosowanie preparatu z atazanawirem nie jest zalecane. Jednak, jeśli lekarz uważa to za konieczne, należy być pod stałą opieką medyczną. Lekarz może zdecydować o zwiększeniu dawki leków przeciwwirusowych. Nie należy przekraczać dziennej dawki pantoprazolu powyżej 20 mg.Pantoprazol, podobnie jak inne leki hamujące wydzielanie kwasu solnego, zwłaszcza stosowany długotrwale, może wpływać na wchłanianie witaminy B12 i prowadzić do niedoborów. Zaleca się ostrożność i regularne badania kontrolne u osób z ryzykiem niedoboru witaminy B12.Leki z grupy inhibitorów pompy protonowej mogą zwiększać ilość bakterii w górnym odcinku przewodu pokarmowego i zwiększyć ryzyko zakażeń bakteryjnych, takich jak Salmonella i Campylobacter.Preparat zawiera sorbitol, dlatego osoby z nietolerancją fruktozy nie powinny go stosować.W przypadku wystąpienia działań niepożądanych takich jak zaburzenia widzenia, zawroty głowy i inne objawy, które mogą obniżyć sprawność psychofizyczną, należy powstrzymać się od prowadzenia pojazdów lub obsługiwanie maszyn.

Preparat ma postać tabletek dojelitowych i jest przeznaczony do przyjmowania doustnego zgodnie z zaleceniami lekarza. Nie należy przekraczać zaleconych dawek, ponieważ może to zaszkodzić zdrowiu. Osoby dorosłe oraz młodzież powyżej 12. roku życia powinny stosować 20 mg preparatu raz na dobę w przypadku objawowej postaci choroby refluksowej przełyku. Długotrwałe leczenie refluksowego zapalenia przełyku i zapobieganie nawrotom wymaga również jednorazowego przyjmowania 20 mg preparatu na dobę. Preparatu nie zaleca się stosować u dzieci poniżej 12. roku życia, osób z ciężką niewydolnością wątroby oraz kobiet w ciąży. Preparat należy przyjmować 1 godzinę przed posiłkiem, popijając wodą.