Babeszjoza często przebiega bezobjawowo. Okres inkubacji choroby w postaciach objawowych klinicznie trwa 1–4 tygodnie od ukąszenia przez kleszcza do wystąpienia pierwszych objawów. Na początku choroby objawy są mało charakterystyczne, dominują objawy grypopodobne: gorączka z dreszczami, zmęczenie, bóle głowy, bóle mięśniowe, wzmożona potliwość, złe samopoczucie, brak apetytu, nudności, wymioty, bóle brzucha.

W ciężkim przebiegu babeszjozy mogą pojawić się żółtaczka, ciemny mocz, zaburzenia oddychania, objawy neurologiczne (sztywność karku, śpiączka), niewydolność nerek i wątroby oraz objawy wstrząsu. Cięższe przypadki choroby dotyczą osób starszych, z zaburzeniami odporności (zakażenie HIV, choroby nowotworowe, leczenie immunosupresyjne) oraz po usunięciu śledziony lub z wrodzonym brakiem tego narządu. Podczas badania fizykalnym lekarz może zauważyć gorączkę, przyspieszony rytm serca, przyspieszony oddech, obniżone ciśnienie tętnicze, powiększoną wątrobę i śledzionę, zażółcenie skóry, zmniejszoną ilość moczu.

Możliwość wystąpienia babeszjozy na podstawie historii choroby i objawów klinicznych wymaga specjalistycznej diagnostyki. Wizyta u lekarza powinna być zależna od stanu zaawansowania choroby. Kompleksowe badania i leczenie babeszjozy są wykonywane tylko w warunkach szpitalnych.

Przy wystąpieniu niedokrwistości oraz objawów niewydolności narządów takich jak wątroba, nerki czy problemy z oddychaniem należy rozważyć poważny stan choroby, co nie wróży dobrze pod względem rokowniczym.

W diagnostyce babeszjozy kluczowe jest rozpoznanie ekspozycji na kleszcze na obszarach endemicznych. Pod mikroskopem można stwierdzić obecność różnych form pierwotniaka w krwinkach czerwonych, co pozwala ocenić stopień inwazji pierwotniaka i ma istotne znaczenie prognostyczne. Istnieją metody molekularne do wykrywania materiału genetycznego różnych gatunków pierwotniaków z rodzaju Babesia we krwi pacjenta. Dodatkowo, diagnozę babeszjozy umożliwiają testy wykrywające przeciwciała przeciw pierwotniakom z rodzaju Babesia we krwi surowicy pacjentów. Istotne dla rokowania w przypadku babeszjozy są również badania morfologii krwi (niedokrwistość) oraz parametry funkcji wątroby i nerek.

Terapia babeszjozy polega na stosowaniu odpowiednich antybiotyków oraz leków przeciwpierwotniakowych przez okres 7–10 dni. W przypadku pacjentów z niedoborami odporności, u których istnieje wysokie ryzyko nawrotu choroby, leczenie przeciwpierwotniakowe powinno trwać co najmniej 6 tygodni, w tym 2 tygodnie po uzyskaniu negatywnych wyników badań krwi. W sytuacjach, gdy obserwuje się masową inwazję pierwotniaka we krwi, niezbędna jest transfuzja wymienna krwi jako procedura ratująca życie.

W przypadku ciężkiego przebiegu babeszjozy konieczne jest intensywne leczenie wspierające funkcje układu oddechowego, wątroby i nerek.

Usunięcie pierwotniaka jest skomplikowane. Po terapii konieczne jest przebadanie pacjenta po upływie 3 miesięcy, a w razie pozytywnych wyników zalecane jest powtórzenie leczenia. Osoba chora powinna być regularnie monitorowana przez specjalistów chorób zakaźnych oraz innych specjalistycznych poradni, dostosowanych do ewentualnych powikłań choroby.

Aby uniknąć zachorowania na babeszjozę, konieczne jest skuteczne zapobieganie ukąszeniom przez kleszcze.